Actualmente en ECIM se desarrolla una amplia gama de proyectos de investigación científica. La mayoría de los sitios de investigación de ECIM se encuentran en la costa central y del norte de Chile, entre Antofagasta y Pichilemu. No obstante, también hay proyectos de investigación que se desarrollan en otras regiones de Chile incluyendo Isla de Pascua, la Isla de Juan Fernández y la región de los fiordos.

Principales líneas de investigación
- Patrones de distribución, diversidad y abundancia de la macro- y meio-fauna de invertebrados marinos, peces y algas en las zonas intermareal y submareal somera.
- Funciones de la biodiversidad y conservación de ambientes marinos
- Ecología larval y biología reproductiva de moluscos, tunicados y crustáceos.
- Interacciones entre depredadores y presas en comunidades de la costa rocosa.
- Biología de poblaciones de peces costeros, invertebrados y algas explotadas comercialmente.
- Patrones latitudinales de reproducción y cuidado parental de invertebrados marinos.
- Tolerancia térmica de larvas de invertebrados y peces marinos, incluyendo efectos sobre el crecimiento y distribución.
- Oceanografía del ambiente costero y sus efectos sobre la productividad primaria y transporte larval de invertebrados intermareales y del submareal somero.
- Manejo y conservación de ecosistemas marinos, incluyendo impactos humanos, co-manejo de recursos marinos y diseño de reservas marinas.
- Cambio global en sistemas costeros, clima, hábitat y pesquerías.
Los estudios realizados por investigadores de la Estación han producido numerosas e importantes publicaciones científicas, además de ser aplicados al manejo y conservación del ambiente marino.